دبیرخانه شورای گفتگوی دولت و بخش خصوصی اعلام کرد: در پی ابهامات موجود در اجرای ماده ۴۲ قانون مالیات بر ارزش‌افزوده، کمیسیون گمرک اتاق ایران طی مکاتبه‌ای به ریاست اتاق ایران درخواست کرد موضوع در کمیته حمایت از کسب‌وکار اتاق ایران مطرح شد.
این ماده‌قانونی تصریح می‌کند: «معادل دوازده در هزار ارزش گمرکی کالاهای وارداتی که حقوق ورودی آنها وصول می‌شود به‌حساب تمرکز وجوه وزارت کشور واریز شود و وزارت کشور نیز مکلف است وصولی هرماه را تا پانزدهم ماه بعد به‌حساب شهرداری‌ها و… واریز کند». قانون مالیات ارزش‌افزوده وصول و اجرای این ماده را به عهده گمرک گذاشته است.
درروند اجرای این ماده، وزارت کشور معتقد است که مبلغ مذکور در ماده ۴۲، مستقل از ارزش‌افزوده موضوع ماده (۷) قانون یاد شده است، بنابراین هر دو مأخذ جداگانه باید وصول شوند. آنچه اجرای این ماده‌قانون را مختل کرد، برداشت متفاوت وزارت کشور از آن بوده است.
موضوع ابهام در تاریخ ۲۵/۰۷/۱۴۰۳ در کارگروه کمیته حمایت از کسب‌وکار اتاق ایران و همچنین در تاریخ ۱۴/۰۹/۱۴۰۳ در نشست نود و یکم کمیته به ریاست جناب آقای انصاری، معاون حقوقی رئیس‌جمهور مطرح گردید و مقرر شد نظر معاونت حقوقی رئیس‌جمهور مبنی بر عدم اخذ مجدد عوارض مذکور اجرا شود. لازم به ذکر است که بر اساس آئین‌نامه داخلی دولت معاونت مذکور فصل‌الخطاب رفع اختلافات بین دستگاه‌های اجرایی است.
علاوه بر آن، کمیسیون‌های عمران و شوراها و امور داخلی کشور طی نامه مشترکی به شماره ۸۳۲۵۹ مورخ ۱۱/۱۲/۱۴۰۳ خطاب به وزیر امور اقتصادی و دارایی اعلام نمودند «…لازم به تأکید است که اجرای این حکم نیازمند تعریف تعرفه جدید و وصول درآمد مازاد بر تعرفه‌های قبلی مربوط به حقوق ورودی نیست.»
