سید محمدهادی سبحانیان در بخشنامه‌ای به ادارات کل امور مالیاتی نحوه محاسبه مالیات واحدهای مسکونی خالی ذیل ماده ۵۴ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم را به ادارات کل امور مالیاتی ابلاغ کرد.
بر اساس این دستورالعمل، در صورت عدم پرداخت به موقع مالیات متعلقه به واحد مسکونی خالی از سوی مالک، سازمان امور مالیاتی اقدام به صدور برگه مطالبه مالیات می‌کند که اقدامات پیوست این برگه‌ها (از جمله اعتراض به صدور برگه مطالبه) مشمول مقررات وابسته به قانون مالیات‌های مستقیم می‌شود.
بر این اساس، موارد ذیل از مالیات بر خانه‌های خالی معاف بوده و در صورت درخواست رسیدگی مجدد از سوی مالک، نسبت به مالیات تعیین شده برای ملک مورد نظر رفع تعرض می‌شود:
۱. عدم مالکیت واحد مورد نظر از ابتدا تا کنون با ارائه گواهی عدم مالکیت سازمان ثبت اسناد
۲. انتقال واحد مسکونی مشمول مالیات قبل از شروع سال مالیات با ارائه سند تک‌برگ
۳. مالکیت کمتر از ۱۲۰ روز در سال تعلق مالیات با ارائه سندتک‌برگ
۴. عدم وجود اعیانی با ارائه گواهی از شهرداری یا شرکت عمران شهرهای جدید مبنی بر عدم وجود مستحدثات در عرصه ملک مورد نظر
۵. کاربری غیر مسکونی ملک مورد نظر با ارائه گواهی از سوی شهرداری یا شرکت عمران شهرهای جدید
۶. غیر قابل سکونت بودن ملک مورد نظر با ارائه گواهی شهرداری، شرکت عمران شهرهای جدید یا مرجع قضایی
۷. غیر قابل انتقال بودن ملک به دلیل داشتن رأی قضایی
۸. معرفی ملک یا املاک مشمول مالیات بر خانه‌های خالی به عنوان سکونتگاه مالک در شهری دیگر با ارائه گواهی اشتغال به کار یا اشتغال به تحصیل
